Ученый совет Института состоит из 25 человек, в составе 22 доктора (среди них 2 член-корр. РАМН и 9 профессоров) и 3 кандидата наук. Председателем Ученого совета является директор Института – член-корр. РАМН А.М.Караськов.
За 2 последних десятилетия в НИИПК им. академика Е.Н.Мешалкина защищено 33 докторских и 126 кандидатских диссертации по специальности "Сердечно-сосудистая хирургия", "Анестезиология и реаниматология", "Кардиология". В 2005 году советом утверждено 9 докторских и 21 кандидатских диссертации. На апробации утверждено 3 темы докторских и 17 кандидатских диссертации